«God Loves Uganda» geht der Rolle der US-amerikanischen evangelikalen Fundamentalisten in Uganda nach, wo US-Missionare Schule und Spitäler mithelfen finanzieren – und gleichzeitig religiöse Bigotterie säen. Nicht zuletzt sehen sie als eine der wichtigsten Aufgaben in ihrer Mission die Hetzjagd auf Lesben und Schwule. Wie lebensbedrohlich dies für die LGBT-Community ist, zeigte sich bereits im Film «Call Me Kuchu» und dem darin dokumentierten Mord am ugandischen Schwulenaktivist David Kato. Der afroamerikanische Regisseur Roger Ross Williams zeigt die fatale Macht, die diese von den USA aus gesteuerte Bewegung in Uganda entwickelt, wobei diese das Land als auserwählten Ausgangspunkt für ihre Mission in anderen afrikanischen Länder sieht.